Bueno, la cosa es que se me ocurrió hacerlo de la forma Ubuntu. ¿El resultado? Funcionó a la primera. Veamos el paso a paso.
Como nunca antes había compilado paquetes en esta máquina, tuve que instalar algunos paquetes para tal propósito:
sudo apt-get install dpkg-dev devscripts
Creamos una carpeta para trabajar y bajamos las fuentes (habiendo activado el repositorio, yo lo hice en synaptic)
mkdir ncview-debcd ncview-debapt-get source ncview
Sobreescribí los archivos fuente con los que estaban modificados para incluir los nuevos colormap
cp ../ncview_colormaps/* .
Descargamos las dependencias de compilación y recompilamos.
sudo apt-get build-dep ncviewdebuild -us -uc
Y finalmente, instalamos el paquete ya parchado
sudo dpkg -i ../ncview_1.93g-1_amd64.deb
Voilà!! Fácil y bonito :D
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