Para agregar al sistema las diferentes versiones del programa (en mi caso, python):
update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2.7 2
update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2.6 1
Para resumir un poco el manual, le decimos que vamos a instalar una opción ("--install"), el segundo argumento es el enlace simbólico (symlink) que se desea administrar (el nombre genérico del programa), el tercero es al grupo que agregaremos esta opción, el cuarto es la ruta que nos provee el programa real y finalmente un número para asignar prioridad, a mayor número, mayor prioridad.
Luego, cuando queremos cambiar de una versión a otra, simplemente hacemos
update-alternatives --config pythony el sistema nos muestra la lista de opciones que tiene registradas y pregunta que versión queremos utilizar.
Fácil y bonito! ;)